Colony dizisinin hikayesi yakın bir gelecekte geçiyor. Los Angeles'ı mesken tutan dizi Bowman Ailesi'ni takip ediyor. Bu korkutucu gelecekte gizemli bir grup, Dünya'yı kolonileştirmiş durumda. İnsanlar kaynağını bilmedikleri yeni bir ideolojik düzen altında yaşamaya başlıyor. "The Arrival" (Varış) ismi verilen bir olayla başlayan bu süreçte Bowmanlar üç çocuklarından birinden ayrı düşüyor. Eski bir FBI ajanı olan Will Bowman ve karısı Katie, çocuklarını geri almak için her şeyi yapmaya hazır durumda. Bu amaç doğrultusunda Will, oğlunu bulmak için yasadışı işlere bulaşıyor. Ama bu çabası nihayete ermiyor. Yeni düzende güç sahibi isimlerden biri olan Proxy Snyder, kaçak geçiş sırasında yakalanan Will'e bir teklifte bulunuyor. Teklife göre eğer Bowman Ailesi bu yeni düzenin yanında yer alırlarsa çocuklarına kavuşabilecek. Bu gelişmeyle birlikte tüm aile verilmesi gereken zorlu bir kararla karşı karşıya kalıyor. Dizinin başrollerindeyse Josh Holloway, Sarah Wayne Callies, Peter Jacobson ve Amanda Righetti gibi isimler rol alıyor.